柯文哲辦公室10月27日發表聲明稱：“書中所述‘與大陸官員接洽’或‘購買器官‘之情事絕非柯文哲醫師本人。”“書中講述情節與柯文哲醫師實際訪談內容有極大落差。”“柯文哲醫師已正式委請律師發函該作者，要求更正書中不符事實之內容。” 

在28日上午舉行“柯P新政記者會”上，對於《大屠殺》一書指他買賣中國大陸人體器官，柯文哲表示：“書中講的不是我，是穿鑿附會”。柯文哲說，書中內容三分真七分假，誇大吹牛過頭。柯文哲表示，他沒說過“所有器官來自法輪功學員”。 

自2006年以來，法輪功製造了一個驚天謠言，聲稱中國政府大批量活體摘取法輪功人員器官。法輪功為此勾結幾名洋人參與向西方社會傳播謠言。其中，美國人葛特曼炮製《大屠殺》一書，繼續為法輪功推銷編造中國“強摘法輪功學員器官”謠言。此前，醫學界普遍質疑法輪功的相關指控，認為過於荒誕。如，法輪功聲稱，瀋陽蘇家屯醫院的一位腦外科醫生兩年時間“從法輪功成員身體上割取了約2000個眼角膜”。據稱，書中“最能夠直接呈現活摘器官犯行的證據，莫過於台大醫院醫師柯文哲的訪談結果。”但柯文哲聲明，書中所指事項與事實完全不符。