崇德六年（1641年），巩阿岱跟从大军围攻锦州，临阵退挠，被拿下由王大臣审问其罪行。崇德八年（1643年）八月，皇太极以巩阿岱为吏部承政。顺治元年（1644年），巩阿岱改任为吏部满尚书。

顺治二年（1645年）巩阿岱跟从勒克德浑征讨湖广流贼二只虎等。顺治四年（1647年），巩阿岱偕同内大臣吴拜等征讨宣府。顺治六年（1649年），跟随英亲王阿济格进攻大同。巩阿岱事奉摄政王多尔衮，为多尔衮信任，累进封为贝子。顺治八年（1651年）多尔衮逝世，巩阿岱与鳌拜被任为议政大臣。

顺治九年（1652年），巩阿岱因党附之罪与其弟锡翰、西讷布库、冷僧机等被杀。其兄拜音图亦因此事受牵连遭幽禁，于以罪削爵，与巩阿岱、锡翰的后代俱被废黜宗室资格。签订《南京条约》的伊里布为巩阿岱的后人。