淳佑元年（1241年）宋理宗授他为承奉郎，袭封衍圣公。宋度宗咸淳二年（1266年），通判信州，权军州事。南宋灭亡，不仕元朝。元世祖至元十九年（1282年），元朝议立孔子后，查明「孔氏子孙寓衢者乃其宗子」。以寓衢者为大宗，召赴朝廷，欲其回曲阜袭封奉祀。孔洙以先世庙墓在衢州，不忍离去，让爵位于曲阜宗弟孔治，请求朝廷准其留居衢州，奉祀先祖守护陵庙。而且以母亲年老，要求南归。元世祖称道他「宁违荣而不违亲，真圣人之后」。元世祖准其所请，并授孔洙承务郎、国子监祭酒兼提举浙东学校事，还给他护持陵庙的玺书和俸禄，后任奉训大夫，儒学提举。六十一岁时，孔洙去世，无子嗣，族子孔思许（孔若古八世孙）奉祀，成为孔子后裔南宗嫡裔。

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