生平

萬曆七年（1579年）己卯科應天府鄉試第三十一名舉人，十七年（1589年）登己丑科同進士，選為翰林院庶吉士，萬曆十九年（1591年）八月授檢討，次年，豐臣秀吉攻陷朝鮮，兵部尚書石星倉皇募兵，王肯堂對其募兵而不練兵有意見，上疏陳十議，自請擔任御史練兵海上，疏留中，憤而引疾告歸。萬曆二十一年（1593年）京察，以其為王錫爵親黨為由，評為「浮躁」。萬曆三十一年正月初十日（1603年2月20日）又以此為由，謫王肯堂為浙江海鹽縣縣丞，人們多認為王肯堂是被冤枉的，大多對其持同情的態度，萬曆三十三年九月十四日（1605年10月25日）再貶王肯堂為秀水縣縣丞，次年，因吏部侍郎楊時喬舉薦，補南京行人司司副，累升南京禮部郎中，官至福建布政司參議。與傳教士利瑪竇有往來。

家庭

父王樵，字明逸，號方麓，嘉靖二十六年（1547年）登丁未科同進士，官至南京都察院右都御史。

著作

律學

其父王樵著有《讀律私箋》二十四卷。王肯堂以此書作為基礎，完成《律例箋釋》三十卷。該書集諸家之說，舍短取長，不僅解釋精確，還注重律文與律例結構的分析，這對清朝律典，尤其是《大清律集解》的影響較大。

醫學

王肯堂精研醫理，能做眼窩邊腫瘤切除手術，又能治癒瘋疾。歷11年編成《證治準繩》44卷，凡220萬字。另著有《醫鏡》4卷、《新鐫醫論》3卷、《鬱岡齋筆塵》等，輯有《古代醫統正脈全書》。今人輯有《王肯堂醫學全書》。

佛學

王肯堂是明末高僧紫柏真可的弟子，專攻唯識而不涉餘宗，以唯識的立場，採用唯識系的經論，作為注釋的依據。王肯堂著有《成唯識論證義》，在明末諸家的唯識著述中最為傑出。另外，王肯堂還撰有《因明入正理論集解》、《八識規矩集解》、《參禪要訣》。