韓肖胄因父蔭補任承務郎，歷任開封府司錄。與府尹在殿中一同奏對，宋徽宗問他的家世，賜他為同上捨出身，擔任衛尉少卿，賜三品服。

之後假給事中、充當賀遼國生辰使。還京，當時韓治守相州，請為祠祿官。韓肖胄于是請求補任地方官侍奉生病的父親，下詔任命為直秘閣、知相州，代替父任。辭別皇帝，宋徽宗說：「先帝詔韓氏世代在相州做官。卿父子相代，是光榮的事。」在相州四年，宋軍收複燕京，韓肖胄預計幽薊將有事變，應該暗中守備。不久金朝騎兵入境，在郊野一無所獲而去。

建炎二年（1128年），知江州，入朝為祠部郎，轉任左司。曾經說：「中原沒有收複，所憑藉為長江之險，淮南是屏蔽。沃野千里，現在多荒廢，如果廣修農事，則轉運費用可以減少，兵糧可足。」從此在建康設局，在江淮行屯田。又應詔陳奏五事：遠斥堠，戢戍兵，防海道，援中原，修軍政。擢升為工部侍郎。

當時川、陝馬綱路通塞不定，韓肖胄請在廣西邕州置司，互市買蕃馬，高宗下詔准行。當時高宗召侍從問戰守之計，韓肖胄條奏千餘言，高宗稱他所奏事理簡當。吏部尚書席益嘆道：「援古証今，切于時用，不是世代為官不能做到。」

紹興二年（1132年），高宗下詔百官上奏省費裕國、強兵息民之策，韓肖胄言：「天下財賦原來隸于三司，現在戶部只有上供之目而已。向戶部問諸路款項名目，戶部不能說出來，向漕司問諸州款項名目，漕司不能說出來，失去一個款項名目，則此項就沒有了。願下詔諸路漕司，搜集州縣出納，能罷除的就罷除，能合併的就合併，立為定籍。漕司總管諸州，戶部總管諸路，就沒有失落了。經費之大，莫過于養兵。現在人不在而冒名請經費的人很多，願確立諸軍核實之法，加重將帥冒請之罪，于是兵數得實，餉給不虛，省費裕國，這是最重要的。百姓常賦之外，受到軍隊用糧的逼迫，小吏作惡，斂財以各種名目。再被盜賊驅逐，農田失時，敵軍離開後恢復生業，沒有安定下來，催交賦稅之吏已在門前呼喊了。願命州縣，招集流散人口，官府借給種子，等三年之後，再收稅賦，置籍登記，考核政績，強兵息民，這是首要的。」當時建議多被採納。又請恢復天地、日月、星辰、社稷的祭祀，於是下達有司制定一年祭禮。轉任吏部侍郎。當時法例散失，官吏趁機做壞事，韓肖胄立重賞，讓人回憶整理記錄原來的法規，編為條目，以次施行，舞文之弊才開始被革除。陣亡補官，得占射差遣，而在部的常調人，等待不能按資格授官，而且有過失就使授官更加困難。韓肖胄請以陣亡之人僅許本家用恩例任官，異姓等候決定，于是沒有不均的情況，且嚴令六部出入為官的禁令，不許請託。

紹興三年（1133年），拜為端明殿學士、同簽書樞密院事，充當通問使，以胡松年為副手，韓肖胄慨然受命。當時金國粘罕執政，依靠兵強，對和戰持離間之策，使者都有危機。韓肖胄入奏：「大臣各持己見，以致和戰未有定論。但是議和是權宜之計，他日國家安定強大，軍聲大振，誓當雪此仇恥。現在臣等北行，可能半年不能回來，一定又有陰謀，應該火速進兵，不可因臣等在那裡而延緩行動。」將走之前，母文對他說：「你們韓家世受國恩，當受命即時出發，不要因為我年老而挂念。」高宗稱她為賢母，封榮國夫人。

韓肖胄至金國，金人知道他的家世，很看重他，往返才用了半年。自高宗即位，宋金六七年沒有使者往來，從此開始派人同來。韓肖胄在今使之前入對，與朱勝非意見不合，于是極力要求離朝，于是以舊職知溫州，提舉臨安府洞霄宮。

紹興五年（1135年），皇帝詔問原宰執大臣守戰方略，韓肖胄回答：「女真等軍都畏服西兵勁銳善戰，現在三帥所統多是西人，吳玠相繼有奏捷，軍聲更振，敵意一定動搖，攻戰之利，臣固然知道。從荊、襄至江、淮，綿延數千里，不如擇選文武臣僚巡行巡視，找到險阻之地，屯兵積糧，形勢相接。現在淮東、西雖然任命宣撫使，但是駐軍和設立官署卻在江上，所派偏將分守，不過資以輕兵，勢孤力弱，難以責成堅強意志。應當調二將到江北，使屏障堅固。」又說：「諸位大將之兵各自為戰。如果想同時進攻，應該先命總帥，分給他精銳，自成一軍，號令統一，則諸將誰敢不聽命。畿甸、山東、關河百姓怨很金人入骨，應該以安集流亡，招懷歸附為先，現在淮南、江東西荒田很多，如果招來邊境上之人，授給田糧，免去賦租，一定相繼前來。」又奏：「長江南岸，空地很多，沿江大將各分地屯守，軍士原來是農民的十之五六，選擇其中不是精銳的人，使他努力耕種，農閒時則考查他們所習的技藝，秋收則均分所種的禾麥，或招募江北流民和江南無業願意遷居的人分給土地，創立營屯。休息時則固守，出征時則攻討。」韓肖胄被起用為知常州，召赴行在，提舉萬壽觀，不久任命為簽書樞密院事。

和議已定，再命韓肖胄為報謝使。金朝接伴使在邊境迎接他，說應當稱謝恩使。韓肖胄和他論爭三四次，金使語塞。到達後，金朝派人在館驛議事，韓肖胄隨問隨答，眾人都尊敬的聽著。回來時，金朝提供氈車以及設宴，從韓肖胄開始。

擔任資政殿學士、知紹興府。不久奉祠，與其弟韓膺胄寓居越州幾十年。事奉母親有孝順的名聲，弟弟不來不吃飯，所得恩賜，都先給宗族。卒年七十六歲，謚元穆。

韓琦守相，建晝錦堂，韓治建榮歸堂，韓肖胄又建榮事堂，三代守家鄉相州，人們以為榮耀。

他的孫子韓同卿，是宋寧宗恭淑皇后的父親。

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