曾祖帖木爾越哥，在金朝任馬步軍指揮使，父親昔里吉思為鳳翔府兵馬判官，子孫以官職首字馬為姓。信奉聶思脫里派基督教，教名月合乃（約翰）。原籍淨州天山（今內蒙古四子王旗西城卜子村），後徙居臨洮的狄道（今甘肅臨洮）。金朝占狄道後，全家遷居遼東。父親馬慶祥居汴梁（今河南開封）。金亡北遷，在和林（今蒙古國哈爾和林）見到蒙哥。蒙哥命他在燕京輔助卜只兒斷事官事，修舉政事。1251年，任燕京行尚書省吏員。1252年，括中原民丁。提出凡通一經的儒者可以免除丁稅。薦舉海內賢士為官，建立常平倉。1259年，從忽必烈南下攻打南宋，留在汴梁，任行部尚書，供應軍餉，運濟南鹽百萬斤助軍。1261年，任軍儲都轉運使，負責物資供應，出私財買馬五百助忽必烈征討阿里不哥。所過州郡，商農安業，軍政修舉，立功居多。以餉軍功升禮部尚書。1263年，建議潁州、光化等處立榷場與南宋互市，于鈞州、徐州等州興鐵冶，用鐵鑄農器換粟，以鎮服南方。八月二十一，在上都（今內蒙古正藍旗東）病逝。追贈僉書樞密院事、梁郡侯，謚忠懿。其曾孫馬祖常。