編修過程
明史修纂歷時百年，史學家基本根據修纂過程分為四個階段。
初修
清朝從順治二年（1645年）始有修明史之議：該年四月十一日（癸亥），御史趙繼鼎上疏「奏請纂修《明史》，並博選文行鴻儒充總裁、纂修等官。」；五月，設館修纂明史，大學士馮銓、洪承疇、李建泰、范文程、剛林、祁充格為總裁；以詹霸、賴袞、伊圖、寧完我、蔣赫德、劉清泰、李若琳、胡世安、高爾儼、陳具慶、朱之俊為副總裁。設收掌官七員，滿字謄錄十員，漢字謄錄三十六員。
但因為數次爭論，中途多次停止，楊椿回憶：「《明史》之初修也，在順治二年，時……仿《通鑑》體僅成數帙。」直至康熙十七年（1678年），隨著三藩之亂的基本平定，政治穩定，經濟富裕，才正式開始《明史》的纂修工作。康熙詔舉博學鴻儒143人于體仁閣，取上等20人，二等30人，成立明史編纂小組，以徐元文為監修，葉方靄、張玉書為總撰，加上「布衣」萬斯同、范錫同等纂修《明史》。鴻儒修史主要集中在康熙二十九年之前，開館不久，潘耒即上呈《請廣秘府書籍以光文治疏》，請求悉訪民間記載、奏議。徐元文上呈《請購明史遺書疏》，請求「征遺獻」。朱彞尊上呈《史館上總裁第一書》，指出「蓋作史者，必先定其例，發其凡，而後一代之事可無紕繆」。黃宗羲、朱彞尊、毛奇齡、張烈、陸隴其等人建議放棄設置《道學傳》，只立《儒林傳》。康熙二十二年左右，明史稿〈本紀〉和〈列傳〉基本完成，湯斌撰《太祖本紀》，徐嘉炎撰《惠帝本紀》，朱彞尊撰《成祖本紀》，潘耒撰《食貨志》，陸葇撰《選舉志》，王源撰《兵志》，姜宸英撰《刑法志》，尤侗撰《藝文志》等。康熙二十三年史館擬定《明史》修纂的綱領性文件《修史條議》六十一條。康熙四十一年（1702年）四月八日，萬斯同因長期勞累，在京師王鴻緒家中去世，是年二月冬熊賜履進呈《明史》稿416卷，但「上覽之不悅，命交內閣細看」。
再修
康熙四十八年（1709年）正月王鴻緒捲入黨爭，以原官解任回籍續修《明史》，「搜殘補缺，薈萃其全」，康熙五十二年，〈列傳〉史稿的修訂基本告竣，鴻緒又請宿儒李因篤協助審核，當時李因篤「老病在床褥，令二人捧稿，朗誦于枕側。先生李因篤呼曰：『改』。即加竄易塗抹，半載而畢功。」康熙五十三年（1714年）王鴻緒命其子圖煒賫呈明史列傳稿205卷，交明史館收藏，志、紀、表未具，次年，鴻緒奉旨回京，御纂《詩經傳說彙纂》，充《省方盛典》承修總裁官；公務之餘，又取《明史》初稿之志、表和本紀，略作刪改，「或筆削乎舊文，或補綴其未備，或就正於明季之老儒，或咨訪於當代之博雅」，繼續纂修全稿，改舊志《河渠》、《食貨》、《藝文》、《地理》，又改《大臣表上》為《宰輔表》，《大臣表》中、下為《七卿表》，刪去《功臣》、《戚臣》、《宦幸》表。雍正元年（1723年）六月十七日，王鴻緒進呈明史稿310卷，體例均備，七月十八日內閣將之交明史館收藏。不久，王鴻緒將明史稿刻為己作，此即《橫雲山人明史稿》，不具萬斯同之名，其中列傳部份後被稱為《明外史》。是年八月十五日，王鴻緒即卒於京邸。張廷玉認為：「王鴻緒之史稿，經名人三十載之用心，進在彤闈，頒來密閣，首尾略具，事實頗詳」。
三修
雍正元年十二月十九日，又開館三修《明史》，以隆科多、王頊齡為監修，徐元夢、張廷玉、朱軾等為總裁，孫嘉淦、喬世臣、汪由敦、楊椿等二十五人為纂修，第三度重修《明史》，但開館不久，人員又遷轉流失，纂修官「它任四出，留館者數人而已」，致力其事者僅楊椿、汪由敦、吳麟等人，以致未有一卷史稿進呈。史館因修《清世祖實錄》而止。
雍正五年冬，張廷玉命纂修官楊椿、汪由敦協力完成《明史》纂修任務，雍正六年正月，楊椿負責永樂至正德九朝列傳，胡宗緒負責嘉靖、隆慶、萬曆三朝，十二朝本紀由汪由敦與吳麟負責，至七月，楊椿「九朝列傳」已經清謄校畢繳付史館。鄭江撰《明史稿》二十四卷，梅瑴成與修《天文志》、《歷志》。
乾隆四年（1739年）夏《明史》終於定稿，七月二十五日張廷玉上表呈《明史》殿本全書336卷，張廷玉在《上明史表》中回顧纂修歷程說：「聚官私之記載，核新舊之見聞，簽帙雖多，祗牾互見。惟舊臣王鴻緒之史稿，經名人三十載之用心，進在彤闈，頒來秘閣，首尾略具，事實頗詳。……苟是非之不謬，詎因襲之為嫌？爰即成編，用為初稿。」十月八日，大學士鄂爾泰等奏請按舊例頒發《明史》，准坊間翻刻，正式刊行。如果從順治二年（1645年）算起，到乾隆四年（1739年）刻成止，則歷時95年，近乎一個世紀之久。現通行的《明史》版本是乾隆四年的武英殿原刊本。
四修
乾隆四年，武英殿《明史》告竣之際，清高宗下旨仿《資治通鑑綱目》編輯《明紀綱目》，乾隆十一年成書。乾隆四十年（1775年）高宗覺得《明紀綱目》考核不夠精當，又詔修明史：「《明史》內於元時人、地名，對音訛舛，譯字鄙俚，尚沿舊時陋習，如「圖」作「兔」之類，既於字義無當，而垂之史冊，殊不雅馴。……《明史》乃本朝撰定之書，豈可轉聽其訛謬，現改辦《明紀綱目》，著將《明史》一併查改，以昭傳信。」，復命查繳原頒之書，諭協辦大學士英廉等「將原本逐一考覈添修，務令首尾詳明，辭義精當」，乾隆四十七年（1782年）《明史本紀》24捲成，被稱為「明史本紀新刊本」，世罕知之，乾隆五十四年（1789年）《明史》全書勘定成，併入《四庫全書》（有關明代的原始史料如《明一統志》，《明寶訓》，《明書》，《明實錄》，《明朝小史》，《明名臣經濟錄》，《明史記事本末》，《明道雜誌》等可閱於網際網路檔案館、欽定四庫全書總目提要和維基文庫）。
付梓
清廷雖下令開館編修《明史》，但是明史館一向結構鬆散，一般官員多為七品官，雖地位清高，但俸祿不多，因此常有開脫出缺的情況發生，編修人員也不一定每天到史館報到，亦常因其它「外務」而中斷，清廷對此並不嚴加管控，只視為新朝籠絡中原士人之舉。順治九年（1652年）傅維鱗曾描述當時「事既簡靜，偃息多閒」「悲歲月之流邁」「止類編實錄」「所纂不過二十餘年，止類編實錄，不旁採，工無庸多」。
康熙帝親政後，政局尚未穩定，他曾說：「朕聽政以來，以三藩及河務、漕運為三大事，夙夜廑念，曾書而懸之宮中柱上。」三藩之亂平定後，目標又轉至河務與漕運，對於《明史》的修撰仍非首要迫切。《明史》初稿大部份成於萬斯同之手，所有史官撰寫的初稿都送他覆審，均無一差錯。萬斯同為《明史》可謂耗盡了畢生的精力，晚年雙眼已盲，在錢名世協助下，殫精竭慮地修改史稿，有時因考証一事，往往「集書盈尺者四五或八九不止。」誠所謂「修故國之史以報故國，願成一代之史以報先朝」。錢大昕說：「乾隆初，大學士張公廷玉等奉詔刊定《明史》，以王公鴻緒《史稿》為本而增損之，王氏稿大半出先生（萬斯同）手。」
清朝經學家楊椿有言：「《明史》成於國初遺老之手，而萬季野功尤多。紀、傳長於表志，而萬曆以後各傳，又長於中葉以前。袁崇煥、左良玉、李自成傳，原稿皆二巨冊。刪述融汰，結構宏肅，遠在宋、元諸史上。」
版本
「殿本」和「庫本」是明史差異最大的兩個版本。庫本除更改元代譯名外，〈本紀〉的論贊亦多有修改。
四庫本是殿本刊行後經過修改的本子。《明史》在乾隆四年刊成後，至乾隆四十年，清高宗因其中有關元時人名、地名對音訛舛，譯字鄙俚，諭令改訂，並就原版扣算字數刊正。四十二年，又因《本紀》中發現其他疏略，不足以資論定。諭令補纂，成《本紀》二十四卷。當時重刊後迄未頒行，外間流傳絕少，民國二十一年（1932年）故宮博物院始有影印本。當時《志》、《表》、《列傳》改定之本，邵懿辰在方略館見到時，即已不全。
體例
清修武英殿本
武英殿本《明史》于乾隆四年刊行，為現通行的《明史》版本。《明史》共三百三十二卷，卷一至卷二四為本紀，卷二五至卷九九為志，卷一〇〇至卷一一二為表，卷一一三至卷三三二為列傳，規模僅次于《宋史》。
本紀
〈本紀〉所占不足全書十分之一，字數所占不及全書二十五分之一，列惠帝，但不列興宗（惠帝之父朱標）、睿宗（世宗之父朱祐杬），錢大昕稱：「其例有創前史所未有者。如《英宗實錄》附景泰七年事，稱郕戾王，而削其廟號，此當時史臣曲筆。今分英宗為前後兩紀，而列景帝紀于中，斟酌最為盡善。」
志
湯斌于康熙二十一年（1682年）充任《明史》總裁，編有《天文志》、《五行志》和《曆志》。《明史·食貨志》共六卷，由潘耒據王原《明食貨志》撰成，「將明代《實錄》通纂一過，凡片言隻字，有關食貨者，悉行節出，瑣細龐雜，不厭其詳」，後來潘耒因事被黜，再由王鴻緒加以刪削。《藝文志》四卷由黃虞稷撰寫，依經、史、子、集排述。《地理志》有七卷，是篇幅最大者，詳述兩京十三省的沿革。《河渠志》共六卷，黃河占兩卷，介紹全國水文治理和水利利用狀況。《兵志》介紹明代軍事制度，共四卷。第三卷「邊防、海防、民壯、土兵」，介紹明朝九邊。《刑法志》共三卷，出自姜宸英之手，介紹明代法律。第三卷介紹廷杖和錦衣衛詔獄。
表
表由萬斯同主編，除《諸王》、《功臣》、《外戚》、《宰輔》外，又增設《七卿表》，仿自《漢書·公卿表》，七卿即六部尚書及都察院都御史。
從結構上明史採納了從《史記》開始流傳下來的紀傳體結構，一共分本紀24卷、志75卷、列傳220卷和表13卷。其卷數在二十四史中僅次于《宋史》，但論其修纂時間之久，用力之勤卻遠遠超過了以前的史書。
列傳
〈列傳〉共二百二十卷，占全書三分之二，可略分為「類傳」和「專傳」兩大類。有重複事蹟者，則舉一人立傳，他人在後各附一小傳，如《孫承宗傳》中記柳河之役，只注「語在馬世龍傳中」；《劉岊傳》彈劾劉瑾，後附十餘人小傳。類傳包括《后妃》、《諸王》、《公主》、《循吏》、《儒林》、《文苑》、《忠義》、《孝義》、《隱逸》、《方伎》、《外戚》、《列女》、《宦官》、《閹黨》、《佞幸》、《奸臣》、《流賊》、《土司》、《外國》、《西域》等，〈列女傳〉共三卷，記載二百八十七位忠孝、節烈婦女，大量取自王鴻緒編纂的《橫雲山人明史列傳稿》。由於《明史》一再強調綱常名教，因此在〈忠義傳〉、〈孝義傳〉、〈列女傳〉等目羅列近二千人。列傳中專列〈閹黨傳〉、〈流賊傳〉和〈土司傳〉三目為明朝一代專有議題，《閹黨傳》列四十六人，屬於劉瑾黨者有七人，其餘皆魏忠賢黨。〈流賊傳〉稱李自成、張獻忠等為流賊，為統治者總結經驗：「自唐賽兒以下，本末易竟，事具剿賊諸臣傳中。獨志其亡天下者，立《李自成、張獻忠傳》。」「至于亡明，剿撫之失，足為炯鑒。」。陸以湉在其《冷廬雜識》稱：「閹黨、佞幸、奸臣列于宦官之後流賊之前，其嫉之也深，而貶之也至矣。」
萬斯同稿本
萬斯同《明史》稿本共四百十六卷，為清修《明史》之最早版本。全部書稿凡十二冊，計人物傳記四百六篇，其中正傳二百四十八篇，附傳一百五十八篇。與王鴻緒《橫雲山人明史稿》、張廷玉《明史》比較，三者分合去取差異很大，既有萬稿有而王、張皆無者，又有萬稿、王稿有而張《明史》無者，如殿本《明史》因政治考慮而刪除石星、顧養謙、宋應昌、邢玠、孫鑛等參與萬曆朝鮮之役的關鍵人物列傳，還有成本《明史》有而萬稿無者。其間體現編纂者于明史觀點、史實去取乃至民族意識存在差異，而萬斯同賡續明朝正統史筆之抱負由此益顯。柳詒徵曾取此稿與通行本《明史》、王鴻緒《明史稿》參互校勘，撰《明史稿校錄》，提出異同得失七事。另又有天一閣藏《明史稿》，為萬氏親筆謄改手稿及編纂之初稿若干，包括大量硃筆校語校跡，是其四百十六卷本《明史》之底本。
本紀
志
表
列傳
下畫線者為《明史》後續版本所刪去。
評價
負責纂修明史的官員遵照康熙帝為尊者諱的旨意，盡量少記載明朝皇帝的陰暗面。為了掩蓋明代皇帝的一些暴虐或昏庸行為，相關官員便把皇帝所犯的錯誤及責任推到大臣及太監身上，並列名於《明史·奸臣傳》，當中的「代罪羊」有胡惟庸、陳瑛、嚴嵩、周延儒、溫體仁、馬士英等。
《明史》部分內容有「偏頗」之處，例如抗倭名將張經之冤死，《明史》歸罪於內閣首輔嚴嵩，稱「（嚴）嵩皆有力焉。」，「時人多為其稱冤」。但據時人王世貞指出，張經之死事實上與徐階的挑撥有很大關係。
《明史》成於眾人之手，編修時間過長，被魏源批評其列傳繁冗，認為「可刪去十分之三」，而且指出「食貨、兵政諸志隨文鈔錄，全不貫串」，並否定此書出自萬斯同之手。
清人趙翼（1727—1814）認為《明史》是二十四史中的後幾部史書中體例嚴謹的一部，在《論諸朝正史之優劣》曾說：「近代諸史，自歐陽公《五代史》外，《遼史》簡略，《宋史》繁蕪，《元史》草率，惟《金史》行文雅潔，敘事簡括，稍為可觀，然未有如《明史》之完善者。」又稱明史特點有三：「修于康熙時，去前朝未遠，見聞尚接，故事跡原委多得其真」「經數十年參考訂正，或增或刪，或離或合，故事益詳而文益簡」「是非久而後定，執筆者無所徇隱于其間，益可徵信」。
中國軍事科學院軍史研究室主任劉庭華指出修撰時間與史著質量成正比，時間越長，質量往往越高。反之，倉促草率成書，舛誤陋劣必多，並稱時間是史著質量的重要保証之一，亦指出《明史》體例嚴謹，首尾連貫，材料翔實，文筆簡潔，舛誤很少，是自清代以來史家公認的一部質量上乘的史著；同時亦拿《明史》跟《元史》和《晉書》作對比，指出《元史》在政治壓力下草成，因此舛誤甚多，內容前後重複、互相矛盾的地方隨處可見；而《晉書》同樣錯誤百出，內容中鬼神妖異因果報應之說甚多，亦指出書中多有史事失實、疏漏，前後矛盾之處。
《劍橋中國史》評價道：「在二十四史中，《明史》被列為編纂得最仔細因而也是最可靠的史書之一。正史編纂者可以得到的許多資料如今已不復存在。另一方面也很明顯，正史對明朝歷史所作的解釋，是根據清朝政府官方的新儒學正統觀念。在這方面某種偏見是可以預料的。凡是涉及晚明時期明帝國與滿洲和蒙古的關係的題目，其論述必然是偏頗的。不過，作為一種資料，這部官修史書最嚴重的不利在於，在很大程度上代替它的明代原始資料儘管有所遺失，許多仍然存在。就此而論，值得在這裡指出，清代文字獄中禁止的大多數作品一直被保存下來，而大多數遺失的作品不在被禁之列。這可能是直到今天在許多國家看到的現象的又一種說明。一本被列入禁書名單的書，被認為有特殊價值，從而被小心地保存下來。禁令實際上是最有效的廣告形式。」
錯誤
《明史》錯誤之處很多，與原始資料《明實錄》相比，很多記載矛盾、脫漏之處比比皆是。
有學者指出《明史》有《哈烈》、《黑婁》二傳，事實上都是指阿富汗西部重鎮赫拉特（Herat），這個失誤是受了哈烈、黑婁在《明實錄》中並存的影響，又將統治者沙哈魯當作地名。其記載東察合台汗國世系，特別是對吐魯番的錯誤說法誤導了很多學者。
《明史》卷二六五《施邦曜傳》記海盜劉香的下場為「就擒」，卷260《熊文燦傳》又記其「勢蹙，自焚溺死」。曹甫之被殺，《洪鐘傳》記其為廖麻子所殺，《林俊傳》則記其為指揮李蔭所擒殺。《食貨志》說正德時有皇莊三百餘處，今查《明經世文編》夏言的奏疏，很明顯是三十餘處之誤。《明史·謝肇淛傳》中講謝肇淛是萬曆三十年的進士，事實是萬曆二十年，萬曆三十年並沒有科舉考試。《卓敬傳》記姚廣孝與卓敬有隙，廣孝進言勸成祖殺之，無其事。
《明史》稱鄭成功將魯王朱以海沉入海中殺死，事實上鄭成功去世乃先於魯王朱以海。魯王朱以海死後，其世子朱弘桓渡臺灣，得到鄭經的庇護，直至明鄭覆亡。
近代學者論《明史》之編修過程，往往對王鴻緒持有剽竊之成見，侯仁之則認為「兩百年來王氏所蒙誣妄，從此可以釋然矣。」。曾參與《明史》編修的汪由敦（1692-1758）則說：「王本列傳，聚數十輩之精華，費數十年之心力，後來何能追躅萬一，若存詆誹之見，非愚則妄。」，楊椿認為「王鴻緒史稿」乃攘竊徐元文之作，史實舛漏百出，「蓋是非毀譽尚不足憑，不特紀志表傳自為異同已也。」
也有現代學者曾根據浙江寧波天一閣所藏萬斯同的《明史稿》著文，提到王永光這名在天啟、崇禎年間夾在東林和閹黨黨爭之間的重要人物，雖然萬斯同撰寫《明史稿》、王鴻緒增刪時曾欲為王永光設列傳，但到了張廷玉主持《明史》最終版本時，卻不為王永光設列傳，甚至連附在某人列傳或閹黨都沒有。而且還提到原本萬斯同想為陳嘉猷設立列傳，但王鴻緒和張廷玉卻顧慮到董山是努爾哈赤先祖之一，為了避諱而乾脆刪去陳嘉猷的列傳。
其他參考史料
至於《明史》所不及見者，可參考《明實錄》、夏燮《明通鑑》、谷應泰《明史紀事本末》、談遷《國榷》、陳子龍《明經世文編》、張岱《石匱書》及《石匱書後集》、計六奇《明季北略》、《明季南略》、溫睿臨《南疆逸史》、徐鼒《小腆紀年》、《小腆紀年附考》、《小腆紀傳》、查繼佐《罪惟錄》、劉湘客《行在陽秋》、蔣臣《桐變日錄》、瞿昌文《粵行紀事》、全祖望《鮚埼亭集》、劉若愚《酌中志》等。又如焦竑的《國朝獻徵錄》，受到萬斯同的高度評價：「搜採最廣，自大臣以至郡邑吏，莫不有傳。……可備國史之採擇者，惟此而已。」乾隆年間，以于敏中、錢汝為等主編《明史考證》，多據《國朝獻徵錄》參校《明史》，但未刊行。光緒年間，王頌蔚得見《明史考證》殘本，再整理成《明史考証攟逸》四十二卷。
The History of Ming is the final official Chinese history included in the Twenty-Four Histories. It consists of 332 volumes and covers the history of the Ming dynasty from 1368 to 1644. It was written by a number of officials commissioned by the court of Qing dynasty, with Zhang Tingyu as the lead editor. The compilation started in the era of the Shunzhi Emperor and was completed in 1739 in the era of the Qianlong Emperor, though most of the volumes were written in the era of the Kangxi Emperor.