王莽取代漢朝稱帝，孔仁擔任捕益將軍，率兵鎮壓五原郡、代郡各地的民變。後來擔任司命大將軍。衞將軍王興的案件，事連孔仁之妻，孔仁之妻也自殺。地皇三年（22年），綠林軍不斷北進，王莽讓孔仁屯守豫州。後來又奉命和王匡、哀章等率領所部和州郡兵三十萬鎮壓青州、徐州地區農民起義軍，沒有獲勝。地皇四年（23年）孔仁和楊州牧李聖在山東兵敗，率軍歸降。孔仁歎道：「吾聞食人食者死其事。」拔劍自殺。