靖康二年（1127年）金朝以張邦昌為大楚帝，將俘虜的郭仲荀和馮澥、曹輔、路允迪、孫覿、張澂、譚世勣、汪藻、康執權、元可當、沈晦、黃夏卿、鄧肅、太學、六局官、秘書省官，放了回來。八月，宋高宗以洺州防禦使、龍神衛四廂都指揮使李庠為東京副留守，郭仲荀率領所部護送元祐太后至南京應天府（今河南省商丘市）。郭仲荀部禁旅從，且制置東南諸盜。建炎二年（1128年）七月乙未，侍衛以軍都指揮使郭仲荀為京城副留守。建炎三年（1129年）七月，留守杜充還朝，副留守郭仲荀因為金軍逼近京畿，糧儲告竭，于是率領餘兵奔赴行在。八月乙丑，副留守郭仲荀亦率領餘兵抵達行在，朝廷以直徽猷閣、京畿轉運副使上官悟權京城留守。八月辛卯，命尚書右僕射杜充兼江、淮宣撫使守建康，殿前副都指揮使郭仲荀隸屬。

郭仲荀後來以殿前副都指揮使為兩浙宣撫副使，駐守越州，聽說金軍破臨安府，于是乘海舟逃跑。紹興三年（1133年），九月，侍衛親軍步軍都指揮使、武泰軍節度使、主管殿前司公事郭仲荀為檢校少保、知明州兼沿海制置使，以紹興府、溫、台、明州為地分，自帥府外，應統兵官都受節制。紹興四年（1134年）十月，宋高宗下詔沿海制置使郭仲荀兼總領海船。紹興五年（1135年）四月，檢校少保、武泰軍節度使、知明州兼沿海制置使郭仲荀來朝，為檢校少傅，提舉太平觀。

紹興九年（1139年）正月戊戌，以王倫為東京留守兼權開封府尹，郭仲荀為太尉、東京副留守兼節制軍馬。去駐守金國歸還的開封府。二月，京城副留守郭仲荀請求兵糧，宋高宗不給，說：「朕今日和議，蓋欲消兵，使百姓安業。留司豈容多兵！但得二三千人彈壓侵略足矣。至于錢糧，亦只據所入課利，養贍官兵。它日置榷場，不患無錢，豈可虛內而事外邪！朕見前朝開邊，如陝西、燕山，曾不得尺帛斗米，而府藏已耗竭矣，此可為戒。」于是命淮西宣撫使派遣統領官、右武大夫、文州防禦使鄭堪，武略大夫唐樸，率領本部兵千人跟隨郭仲荀到任。郭仲荀轉任太尉，充東京同留守。東京同留守郭仲荀招募近城閒田募弓箭手。九月己亥，金兵南下，郭仲荀帶著劉豫之眾五千七百餘人逃回鎮江。紹興十年（1140年）正月甲午，太尉、慶遠軍節度使、東京同留守兼節制軍馬、京畿營田大使郭仲荀充醴泉觀使，知鎮江府。紹興十五年（1145年），十二月，郭仲荀卒于台州。