李長仁為交州人。南朝宋泰始四年（468年）三月，交州刺史劉牧病死，李長仁隨即發動了兵變，殺死劉牧從北方帶來的所有部下，占據交州城造反，自稱交州刺史。八月，宋明帝任命南康相劉勃為交州刺史。劉勃來到交州，被李長仁拒絕進城。不久後，劉勃就病死了。

李長仁害怕南朝宋前來討伐，便在十一月遣使投降，自貶為交州行州事。宋明帝赦免其罪，並允許他統治交州。死後，由從弟李叔獻代領州事。