年輕時跟隨鄉人顧彪習《春秋左氏傳》，後來博覽諸子諸史，善寫文章。隋煬帝大業年間，為直秘書學士。天下大亂，辭職歸鄉，後來依附杜伏威。唐高祖武德四年，隨杜伏威歸唐，授國子助教。唐太宗貞觀初年，高句麗、百濟伐新羅，連兵數年，新羅遣使向唐朝告急。唐朝派朱子奢以員外散騎侍郎充使，調節三國關係，高句麗嬰陽王、百濟武王、新羅真平王都向唐朝上表謝罪，對朱子奢賞賜甚厚。朱子奢出使前，太宗對他說：「海東諸國重學問，朱卿為大國使者，一定不要收他們的束脩之禮，就給他們講說。出使回國稱旨，會以中書舍人的官職等待朱卿。"朱子奢至海東，為三國闡發《春秋左傳》的題目，接納其國美女之贈。回國後，太宗責備他違旨，但是憐惜其才，沒有重罰，令以散官直國子學。轉任諫議大夫、弘文館學士，擔任國子司業時，仍為弘文館學士。

在武德年間，太廟祭祀只有四室，唐高祖崩，將把他的神主祔于太廟，太宗詔命有司詳議。朱子奢建言：「西漢丞相韋玄成奏立五廟，劉歆認為當為七廟，鄭玄採用韋玄成的說法，王肅採用劉歆的說法，于是歷代廟議不能同一。而且天子七廟，諸侯五廟，依次減去兩廟，是正禮。如果天子與子爵、男爵相同，則沒有等級差距，不是德厚影響大、德薄影響小的意義。臣請依古法，天子七廟。如果親盡，則以奠基王業之人為太祖，虛太祖之室來等待下一代皇帝，遷移安頓。」于是尚書共奏：「自《春秋》以來，都說天子七廟，諸侯五廟，大夫三廟，士二廟。推親親，顯尊尊，是不可改易之法，請建親廟六。」唐太宗同意。于是祔弘農府君（李熙）、高祖神主為六室。唐太宗駕崩後，禮部尚書許敬宗上奏：「弘農府君廟應撤毀。按韋玄成之說，撤毀廟主應當埋掉，但四海之內常享宗族祭祀，取下來埋掉，不是神能滿意的。晉朝范宣議立別廟來奉祀撤毀的廟主，有人說當藏在天府。天府，是收藏瑞異之物的地方。《禮》上說去祧有壇有墠，臣認為都不妥。我唐朝宗廟，是同殿異室，以右為首。如果奉遷出的神主安放在右夾室，從而得到尊貴的安置，祈禱祭祀也不會斷絕。」唐高宗下詔如許敬宗所議。七廟的建議，都是按照朱子奢的說法。

唐太宗說：「起居注紀錄臧否，朕想要觀看以知得失，怎麼樣？」朱子奢說：「陛下所為無過失，即使看一下也沒有關係，但以此開啟後世史官之禍，才是讓人害怕的。史官為了保全身家而怕死，那悠悠千載，還有褒貶嗎？」池陽縣令崔文康因事獲罪，櫟陽縣尉魏禮臣彈劾，下獄，御史說他是冤枉的。魏禮臣說御史結黨營私，請求有司調查，他說的不對就請求處死自己。調查後認為魏禮臣所奏不實，太宗想要按魏禮臣所請處死他。朱子奢說：「按律，上書不實有明確的處罰條款，現在按他的請求將他處死，死者不可複生，想要自新也沒有機會了。這樣，天下只知上書會獲罪，想要說話的，也害怕而不敢說了。」太宗同意了他的建議。

朱子奢為人平易，含蓄寬容，又滑稽風流，談論輔以經義。唐太宗宴會時，多次讓他在御前辯論。貞觀十五年，他在官任上去世。