阎若璩二十岁读《尚书》，发现古文尚书有可疑之处，遂穷三十八年的研究考证，写成《尚书古文疏证》八卷。

《尚书古文疏证》一书「事必求其根柢，言必求其依据」，此书列举了一百二十八条证据，将孔安国传古文《尚书》判定为伪书，认为《古文尚书》为东晋梅赜所伪。閰氏首先依《汉书》〈儒林传〉、〈艺文志〉及〈楚元王传〉的记载，确定古文尚书出自孔壁，为鲁恭王坏孔子宅时所发现。并确定古文尚书的篇数即今文尚书篇数再加十六篇。接著閰氏再确认真本《古文尚书》亡于永嘉之乱的结论。到了东晋元帝时豫章内史梅赜所献《尚书》却多出二十五篇，此二十五篇「无论其文辞格制迥然不类，而只此篇数之不合，伪为可知也」。接下来，閰氏透过各种实证法确立二十五篇古文为伪，包括使用实证法与虚会法。实证法中又包含了用引文比对的方法,典礼制度和史实的考证法及训诂、书例辨证法。例如，第31条提到「人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中」，前三句出自《荀子》所引《道经》，「允执厥中」则出自《论语·尧曰第二十》。第64条提到〈胤征〉有「玉石俱焚」之语为出自魏晋年间。另又指出孔传有与地理沿革不合者，第87条提到积石山在汉昭帝时才置金城郡，孔传却说积石山在金城西南；第88条提到瀍水出谷城县，到了晋朝才划入河南，孔传却说其出自河南北山。

同时期的毛奇龄则作《古文尚书冤词》与之驳辩，例如，毛奇龄断定《道经》是对《尚书》经的尊称，为了证明其说，他援引汉代纬书《易通卦验》云：「燧人在伏羲前置刻《道经》，以开三皇五帝之书。」此说过于迁强，不足以取信于一般学者。一说閰氏读罢《冤词》后，曾对《疏证》作了大幅度删改，乃至于「本为《冤词》难《疏证》，今转成《疏证》难《冤词》。」

纪昀曾指出《疏证》编次欠条理，「支蔓」太多，「衍及旁文，动盈卷帙」，有时支蔓文竟可达数万言。毛奇龄批评其「旁搜曲引，吹毛索瘢，锻炼成狱」。閰氏在世时，此书仅有抄本流传，后由其孙閰学林刊刻，即乾隆十年眷西堂刻本。今传《古文尚书疏证》只有九十九条，「有目无文」者十二条、「目文全缺」者十七条。钱穆注意到閰氏撰《疏证》引用梅鷟《尚书考异》内容极多，而多不明引。一说閰氏晚年对《疏证》多有所删节，可能是为了隐瞒大量引用《尚书考异》而不加注明的困扰。

黄宗羲、纪昀、钱大昕、梁启超、胡适等皆以为伪古文《尚书》的定案实归功于阎若璩，汪中认为阎氏《疏证》是「千馀年不传之绝学」。梁启超说阎若璩「不能不认为近三百年学术解放之第一功臣。」并认为自阎攻伪古文《尚书》得胜，渐开学者疑经之风。