明朝

明成化七年（1471年）冬十月因運河堵塞設立，並將漕河以南直隸徐州沛縣、山東省濟南府德州為界分為三段，命刑部侍郎王恕總督河道，亦稱總理河道總管河道大臣。成化九年（1473年）四月王恕改任南京戶部左侍郎後不複常設，聞河有故則遣大臣行事往治之，事畢還朝。正德四年（1509年）九月黃河自儀封北決，越黃陵岡，入賈魯河，抵豐沛，威脅安平運道，十二月武宗命工部左侍郎崔岩兼都察院右副都御史署理河道，駐紮濟寧。但正德五年（1510年）九月崔岩治河未濟，被劉瑾迫害致仕，武宗將南京右僉都御史李堂升任工部右侍郎，繼續整治河道。正德六年（1511年）二月功成。十二月因劉六劉七民變，命捕盜都御史陳天祥管治山東省東昌府以北河道，漕運都御史張縉管治南直隸徐州以南河道，蘇松巡撫河道總督管治東昌府至徐州沛縣河道以守河運。正德七年（1512）三月以鴻臚寺卿劉愷為都察右副都御史總都河道，遂成定職，任期三年。嘉靖十三年（1534年）以都察御史加工部尚書或侍郎職銜充任。隆慶四年（1570年）兼領軍務。到萬曆五年（1577年）因河道總督傅希摯與漕運總督吳桂芳因整修河道分歧太大無法調和，內閣首輔張居正並河於漕，升總督漕運兵部左侍郎吳桂芳為工部尚書河漕總督兼領軍務，新任總河。還未上任的新河道總督李世達改任浙江巡撫。萬曆十六年（1588年）四月直隸巡按御史見並河於漕後責分，而官無專督，故修浚之功怠於無事，急於臨渴，河患日深，遂上奏奏請河漕分開並重設河道總督。經內閣討論後神宗批准同意，此後沿用至清朝。

清朝

清朝沿用。後分設為三位河道總督。分別是

• 南河總督駐江蘇省淮安府清江浦

• 東河總督駐山東省濟寧州

• 北河總督由直隸總督兼領。

並依需要另設副總河。

;未分設之前的歷任總督

注釋