早期事跡
幼時家貧，就讀滄浪書院、白鹿洞書院。少時不慎於茶館打死人，失學投軍。紹定三年（1230年），組織義軍與金人戰于淮安、高郵、興化間，因功補進義副尉。紹定四年（1231年）冬，赴臨安府稟見丞相史彌遠，授修職郎、經制司準備差遣。紹定六年（1233年）正月，改黃州節度制置使司參議官兼準備差遣。端平元年（1234年）正月，改淮南西路制置使司參議官。十一月，任通判襄陽府事兼京湖安撫制置大使司書寫機宜文字。十二月，丁祖憂，解職守喪。三年（1236年），起復宣教郎、通判襄陽府事兼京西制置使司書寫機宜文字。
嘉熙元年（1237年），趙葵以寶章閣學士知揚州（今屬江蘇）事兼淮南東路制置使，余玠晉謁，被留置幕府。三月，任將作監主薄、節制 招信軍屯戌軍馬、充淮南東路制置使司參議官。十月，奉趙葵命，提兵解安豐軍之圍。嘉熙二年（1238年）正月，以援安豐軍之功，進官三秩、擢太府寺丞、知招信軍（今安徽嘉山東北）兼淮南東路制置使司參議官。二月，升大理寺丞。嘉熙三年（1239年）三月，進工部郎官。嘉熙四年（1240），余玠親率舟師由泗州入黃河，沿河系由西北上，克宿州。轉戰至東京城下，又至河陰、八柳，焚蒙古舟師、毀橋樑，全師而還。九月，除直華文閣、升任淮南東路提點刑獄公事兼知淮安州事、進官三秩、節制淮安州、招信軍軍馬。十月，節制應天府、泗宿永海邳徐、漣水軍等地屯戌軍馬。淳祐元年（1241年）十月，蒙古兵圍安豐軍，奉詔赴援。十一月，以解安豐軍之圍，拜大理寺少卿。二年（1242年）二月，授秘閣修撰、淮南東路安撫制置副使。五月，晉司農寺卿。
主政四川
淳祐二年（1242年）六月，余玠晉見宋理宗，願以恢復四川為己任，升任權工部侍郎、四川宣諭使。從此，領導四川抗戰。十二月，又升任權兵部侍郎、四川安撫制置使、兼知重慶府、權總領四川財賦軍馬錢糧、專一報發御前軍馬文字。三年（1243年）四月，權夔州路轉運使。四年（1244年）正月，除華文閣侍制兼四川屯田使。五年（1245年）四月，以職事修舉，升寶謨閣直學士。六年（1246年），升權兵部尚書。七年（1247年）五月，升徽猷閣學士。八年（1248年）五月，除兵部尚書。九年（1249年）九月，升寶謨閣學士、四川安撫制置大使。十年（1250年）三月，升龍圖閣學士。十月，進官二等。十二年（1252年）正月，升端明殿學士。
當時四川已殘破，並經常受到蒙古軍的侵擾。余玠到任後，招賢納士，共商大計。播州人冉璡、冉璞兄弟應召入幕，首先建議于合州（今重慶合川）城東釣魚山上築城，並移州治所于釣魚城。余玠後向朝廷上奏，請授冉氏兄弟官職，詔以冉璡為承事郎、權發遣合州事，冉璞為承務郎、權通判合州事。此前，已修築多處山城，共相繼修築雲頂、運山、大獲、得漢、白帝、釣魚、苦竹、大良、神臂、子云等山城，移成都府、蓬、閬、洋、夔、合、順慶府、隆慶府等州府治所于其上。移金州駐紮御前諸軍都統制司于大獲城，以護蜀口；移沔州駐紮御前諸軍都統制司于青居城；興元府駐紮御前諸軍都統制司于釣魚城，共備內水；利州駐紮御前諸軍都統制司于雲頂山，以備外水。淳祐三年，四川宋軍共與蒙古軍大小三十六戰。余玠實行輕徭薄賦政策，俞興又開屯田于成都府（今屬四川），經濟有所恢復。十一年（1251年）三月，余玠率軍北伐，一直進到被蒙古軍占領的興元府（今陝西漢中）。十二年（1252年），又率部西向嘉定府（今四川樂山）抗擊南犯的蒙古軍，出現了宋元戰爭爆發四川以來最好的軍事、政治、經濟形勢。
余玠決定在此基礎上，逐步清除跋扈的大將，以統一四川的軍政。他乘到嘉定府之機，首先將當時也在嘉定的利州駐紮御前諸軍都統制王夔處死，派楊成代統其部屬。但移駐雲頂山（當在今廣元境內）的利州駐紮御前諸軍都統制司卻自行推舉統制姚世安接任都統制之職。余玠率部至雲頂山下，派新任都統制金某上山任職，姚世安閉關不納。姚世安又通過避居雲頂山現任宰相謝方叔的子侄，向謝方叔誣陷余玠。
晚年結局
寶祐元年（1253年）五月，理宗猜疑余玠，決定將他召回。當月，余玠暴卒于重慶府(另有一說是服毒自盡)。六月，詔加資政殿學士。七月，贈官五轉。十一月，葬于溧陽荊山。二年（1254年）六月，侍御史吳燧奏論余玠聚斂罔利七罪，詔簿錄余玠家財。七月，詔使余玠家財犒師振民。十月，詔削余玠所贈資政殿學士。六年（1258年）十一月，下詔追複官職。
家族
• 曾祖：余複明，贈少保
• 祖：余椿年，贈少傅
• 祖母：王氏
• 父：余千里，贈少師
• 母：劉氏，贈國夫人
• 母：徐氏，贈國夫人
• 嫡母：鞏氏，贈國夫人
• 妻：王氏，封國夫人
• 妻：謝氏，封國夫人
• 子：余如孫，改名師忠，承務郎、太社令，四川安撫制置大使主管書寫機宜文字，後任大理寺丞，為賈似道所殺
• 女，余氏，適迪功郎、特差監綿州在城商稅，權泗州安撫制置大使司書寫機宜文字王雅言
相關人物
• 杜杲
• 王惟忠
