生平

父李長祺早亡，由伯父李長敷養成。天啓元年（1621年）中式辛酉科應天鄉試，崇禎元年（1628年）登戊辰科會試副榜，崇禎四年（1631年）成辛未科進士 ，都察院觀政，授寧波府推官，六年任福建鄉試同考官，七年舉卓異，八年拔貢同考，九年浙江本省同考，十一年考選，授官刑科給事中，十二年巡視十庫，以忤旨降為浙江布政司照磨。崇禎十七年（1644年）甲申之變前夕，奉旨出封淮府。後任弘光帝工科都給事中，遷大理寺左寺丞。不久受命祀南鎮，剛到杭州橋山，弘光朝滅亡，「踽涼孤蹤，飄泊江之南北」。明亡，隱居棗園，杜門不出凡三十八年，以著述為樂。

著作

曾將《南史》、《北史》刪成《南北史合抄》。清康熙十六年（1677年）魏禧訪李清時，為《南北史合著》作序。另有《折獄新語》、《澹寧齋集》、《三垣筆記》和《南渡錄》等二十種。

也有人認為敘述明末天啟年間宦官魏忠賢與明熹宗的乳母客氏相互勾結，把持朝政始末的小說《檮杌閑評》當為李清所作。

由于李清曾供職南京，留意國初史事，所作《三垣筆記》記載詳賅可靠。曾與錢謙益等人合謀打開明孝陵享殿，驗証成祖實在非馬後所生，即使太子、秦晉二王也是李淑妃之子。諸子惟有周王與成祖同母。

家庭

有子李柟（字木庵,康熙十二年癸丑科（1673）進士，榜名李葉, 1647-1704），為孔尚任《桃花扇》於康熙朝演出推動者，官至左都御史。 從侄李驎。

孫李炳石為揚州丁卯(1687)舉人，曾接駕康熙帝第五次南巡。