閻若璩二十歲讀《尚書》，發現古文尚書有可疑之處，遂窮三十八年的研究考證，寫成《尚書古文疏證》八卷。

《尚書古文疏證》一書「事必求其根柢，言必求其依據」，此書列舉了一百二十八條證據，將孔安國傳古文《尚書》判定為偽書，認為《古文尚書》為東晉梅賾所偽。閰氏首先依《漢書》〈儒林傳〉、〈藝文志〉及〈楚元王傳〉的記載，確定古文尚書出自孔壁，為魯恭王壞孔子宅時所發現。並確定古文尚書的篇數即今文尚書篇數再加十六篇。接著閰氏再確認真本《古文尚書》亡於永嘉之亂的結論。到了東晉元帝時豫章內史梅賾所獻《尚書》卻多出二十五篇，此二十五篇「無論其文辭格制迥然不類，而只此篇數之不合，偽為可知也」。接下來，閰氏透過各種實證法確立二十五篇古文為偽，包括使用實証法與虛會法。實證法中又包含了用引文比對的方法,典禮制度和史實的考證法及訓詁、書例辨證法。例如，第31條提到「人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允執厥中」，前三句出自《荀子》所引《道經》，「允執厥中」則出自《論語·堯曰第二十》。第64條提到〈胤征〉有「玉石俱焚」之語為出自魏晉年間。另又指出孔傳有與地理沿革不合者，第87條提到積石山在漢昭帝時才置金城郡，孔傳卻說積石山在金城西南；第88條提到瀍水出穀城縣，到了晉朝才劃入河南，孔傳卻說其出自河南北山。

同時期的毛奇齡則作《古文尚書冤詞》與之駁辯，例如，毛奇齡斷定《道經》是對《尚書》經的尊稱，為了證明其說，他援引漢代緯書《易通卦驗》云：「燧人在伏羲前寘刻《道經》，以開三皇五帝之書。」此說過於遷強，不足以取信於一般學者。一說閰氏讀罷《冤詞》後，曾對《疏証》作了大幅度刪改，乃至於「本為《冤詞》難《疏証》，今轉成《疏証》難《冤詞》。」

紀昀曾指出《疏證》編次欠條理，「支蔓」太多，「衍及旁文，動盈卷帙」，有時支蔓文竟可達數萬言。毛奇齡批評其「旁搜曲引，吹毛索瘢，鍛煉成獄」。閰氏在世時，此書僅有抄本流傳，後由其孫閰學林刊刻，即乾隆十年眷西堂刻本。今傳《古文尚書疏證》只有九十九條，「有目無文」者十二條、「目文全缺」者十七條。錢穆注意到閰氏撰《疏証》引用梅鷟《尚書考異》內容極多，而多不明引。一說閰氏晚年對《疏証》多有所刪節，可能是為了隱瞞大量引用《尚書考異》而不加註明的困擾。

黃宗羲、紀昀、錢大昕、梁啟超、胡適等皆以為偽古文《尚書》的定案實歸功於閻若璩，汪中認為閻氏《疏証》是「千餘年不傳之絕學」。梁啟超說閻若璩「不能不認為近三百年學術解放之第一功臣。」並認為自閻攻偽古文《尚書》得勝，漸開學者疑經之風。