生平
永元元年（499年）至永元二年（500年）之間，車騎江夏王蕭寶玄參軍事、宣閣將軍、新任右軍中郎將薛元嗣被封為開國縣侯，食邑一千戶。
永元二年十二月，蕭寶卷聽說劉山陽被殺，詔令討伐荊州和雍州。十二月戊寅（501年1月17日），蕭寶卷任命冠軍長史劉澮出任雍州刺史；派遣驍騎將軍薛元嗣、制局監暨榮伯率領軍隊以及運輸糧食的一百四十多艘船送到郢州刺史張衝那裡，命令張衝抗擊蕭衍的軍隊。薛元嗣以劉山陽之死為前車之鑑，懷疑張衝不敢進兵，于是停駐在夏口浦，後來薛元嗣和暨榮伯聽說蕭衍的軍隊將要到了，才進入郢城。
永元三年三月丁酉（501年4月6日），張衝病死，薛元嗣與張衝的兒子張孜以及征虜長史、江夏內史程茂共同防守郢城。蕭寶卷賜薛元嗣和吳子陽假節。
永元三年三月乙巳（501年4月14日），薛元嗣派軍主沈難當率快船數千艘，乘著紛亂的水流向蕭衍的軍隊開戰，張惠紹等人擊敗沈難當，將對方全部俘虜。
永元三年四月，蕭衍從沔水出兵，派王茂和蕭穎達等人進發逼近郢城。薛元嗣的軍隊戰鬥十分疲憊，因此不敢出城。
薛元嗣等人處于圍城之中，沒有其他謀劃，只是迎接蔣子文和蘇侯神，每天日落時都在州府廳堂上祭祀求福，求神的鈴鐸聲晝夜不絕。又讓蔣子文的神像登上城牆巡行，次日也這樣循環往複，有識之士知道郢城要失敗了。
永元三年七月己未（501年8月26日），蕭寶卷任命程茂為督郢司二州、輔國將軍、郢州刺史，薛元嗣為督雍梁州南秦北秦四州郢州之竟陵司州之隨郡、冠軍將軍、雍州刺史，兩人都持節。第二天（501年8月27日），快要天亮的時候，程茂和薛元嗣商議投降，讓張孜寫信給蕭衍，派參軍朱曉向蕭衍獻出郢城投降。薛元嗣後在南梁擔任直閣將軍。
家庭
兄弟姐妹
• 薛道標，北魏鎮南將軍、秦州刺史、河東公
• 薛道異
• 薛道次，北魏安西將軍、光祿大夫、假河南公
• 薛道智
• 薛伯令
• 薛環龍
• 薛真龍
• 薛道龍
• 薛氏，嫁劉宋前軍將軍、下邳郡太守裴祖隆
• 薛氏，嫁北魏司徒諮議、岐州刺史皇甫椿齡
子女
• 薛邦，南梁巴東郡太守，贈益州剌史
