Une des particularités de Persée a été, dès son origine, la volonté d'abolir le fossé qui existe traditionnellement entre la manipulation et l'exploitation de documents issus d'un processus de numérisation et de documents nativement électroniques. Cette exigence a constitué un des facteurs déterminant dans la définition du système d'information sur lequel est bâti le portail et se traduit par trois propriétés essentielles :

• l'utilisation de modèles de données standards ou normés bénéficiant d'une large communauté d'utilisateurs, afin de garantir leur viabilité à court et à long terme, et facilitant l'interopérabilité avec d'autres systèmes d'information ;
   
• l'attribution d'identifiants pérennes aux ressources disponibles sur le portail ;
   
• l'établissement de liens entre les ressources disponibles sur Persée et les référentiels internationaux.